很多修学藏传佛教的汉人及洋人，不约而同有一种肤浅的见解，以为宗喀巴大师仅为一个说法及着书善巧、持戒清严及修行认真的学者，认为大师并无甚麽神通能力。

  事实上，大师的一生中的确有意以说法、着书及身教来振兴佛法，从不愿显示神通能力来吸引信众，反而希望其弟子入於叁藏法海，好好地学经辩道，从而成为戒定慧叁学俱圆满的行者，但这并不代表大师缺乏显现神通的能力。

  在《妙吉祥根本续》、《楞伽经》及《传授教授王经》等经中，佛陀早已授记大师的出生及其弘法事业。在《迦登宝籍》及《莲花遗教》等典册中，亦见莲华生、龙树、阿底峡及其他多位大师对宗喀巴的降生示现早有授记。在大师出生时，他的生地出现天雨瑞花、大地震动及空中传来异香扑鼻等祥兆。当时的大成就者义成宝法师早知宗喀巴并非凡人，在大师甫出生时，便遣人到访赠以种种法宝。

  从一出生起，大师便显现他不凡的宿业因缘及修行的决心。在大师叁岁间，曾闭关一心不乱地持诵文殊心咒，感至所居石室墙上显现出宛如书写的文殊咒字。

  在大师离乡求法後，大师之母亲因念子心切，曾去信予大师要求他回乡相会。大师为慰念慈母，便画了一幅自画像寄回故乡。在大师之母开启信封取出画像时，该画像竟开口叫：「阿妈！」，此灵异画像现今仍存於青海某寺院中。

  大师在为西藏精奇寺开光时，众人皆见到三十五佛入於佛像之中。此外，亦曾出现大师坐雪地中，身边却不沾一点白雪及於法会失火时，大师入定以神通令大火熄灭等灵应。在当时，不少有证量的修行人都见到大师现为文殊大士及诸佛坐在大师头顶上方等现像。在大师的一生中，又曾数次在石上留下足印、身印及影子，这些圣迹今大多仍可在西藏见得到。在大师的密传中（即当年大师仅让最亲弟子得知，而在後世才被其弟子写出的事），又曾提及大师自幼便能见得文殊等诸佛，直接向他们学法的端倪。又有一次，一位有神通力的工匠在一日内建造了七尊大师身像，大师在高兴之馀，便也随缘示现了一次神通，一天内理发七次，每次都剃下了不少头发。这七份大师的圣发被放入该七尊大师身像中以作装脏。这七尊大师像，现今在青海省隆务寺，仍可见到保存下来的其中两尊。

  在大师圆寂时，身体显出了如文殊童子的身相，周围又出现虹光，天上落下各色花朵，在天上又有祥云、彩虹及奇妙的光柱，并传来奇妙的乐声。在大师圆寂後不久，又曾五次向其弟子以不同化相显现，亲自为弟子说法解疑。现今在任何格律派寺院，几乎都有被称为「宗喀巴大师五种示现图」的壁画或唐卡佛画，画中的五种人相形像便正是源自大师在圆寂後的五次出现。

  在藏传佛教格律派的长老僧众中，至今仍辗转流传着大师的遗发。这些遗发会不断自然增长，殊胜异常。这些大师的舍利遗发，在川北大藏寺中有几根，在成都铁像寺有两根，在五台山普寿寺也有好几根，在香港佛教显密研修院中也供了一根。

  在上述的几个引例中，我们足见大师只是意欲以开示、着写及持戒而弘法，所以才刻意低调处理神通的事情。认为宗喀巴大师不具备神通，只是一种肤浅的幼稚见解。事实上，一位大师是否值得敬重，亦根本不取决於其神通能力。